Первичной устойчивостью называют устойчивость инфекции у больного, который заразился туберкулезными микобактериями от другого больного, у которого возбудители уже приобрели устойчивость к противотуберкулезным препаратам вследствие несоответствующей химиотерапии. Таким образом, больной с первичной устойчивостью к какому-либо антибактериальному препарату никогда ранее не принимал этого средства, однако лечение этим препаратом получал тот человек, от которого заразился данный больной. Приобретенная лекарственная устойчивость возникает в тех случаях, когда пациент уже подвергался воздействию одного-единственного препарата. Причинами подобного нарушения могут стать несовершенство мер по контролю за регулярностью лечения, избирательный прием препаратов, нерегулярность в обеспечении противотуберкулезными препаратами, плохое качество самих лекарств, неправильное их назначение и в редких случаях — нарушение абсорбции препаратов. В результате подобных факторов микроорганизмы, чувствительные к препаратам, подавляются, а размножение устойчивых микроорганизмов продолжается.
При изучении частоты первичной устойчивости, так же как и в клинических исследованиях, очень непросто установить, является ли данная лекарственная устойчивость первичной, поскольку сами больные могут не знать или отрицать проведенную ранее противотуберкулезную химиотерапию. Поэтому правильнее употреблять выражение «лекарственная устойчивость у вновь выявленного больного». Оно означает присутствие устойчивых штаммов микобактерий туберкулеза у пациента, который никогда ранее не получал противотуберкулезные препараты или же принимал их менее 1 мес.